La proteïna general és una estructura de doble hèlix, i com a proteïna estructural de la matriu extracel·lular (ECM), el col·lagen està format per tres cadenes polipeptídiques que formen una estructura de triple hèlix, o domini de col·lagen, és a dir, cadascuna de les tres cadenes polipeptídiques és esquerra- lliurat. L'estructura helicoïdal s'entrellaça després per enllaços d'hidrogen per formar una estructura superenrotllada ferma a la dreta. Les cadenes úniques de col·lagen de la mà esquerra s'entrellacen per formar l'estructura helicoïdal composta de la mà dreta de col·lagen. Aquest segment s'anomena segment helicoïdal. La característica més important del segment helicoïdal és la disposició periòdica dels aminoàcids (Gly-XY)n, on les posicions de X, Y Prolina (PrO) i hidroxiprolina (Hyp) són els aminoàcids únics del col·lagen, que representen uns 25 percentatge i el contingut més alt en diverses proteïnes; La hidroxilisina (Hyl) present en el col·lagen es troba en altres No existeix a la proteïna, no participa en la biosíntesi del col·lagen en forma ja feta, sinó que es converteix a partir de la prolina (Pro) a la cadena peptídica del col·lagen que s'ha sintetitzat per l'acció de l'hidroxila.
No obstant això, el contingut d'hidroxiprolina i àcid piroglutàmic en proteïnes generals de mamífers terrestres és molt petit. En comparació amb els animals terrestres, el col·lagen dels animals aquàtics conté menys prolina i hidroxiprolina, i el contingut de metionina que conté sofre (Met) és molt més gran que el del col·lagen terrestre.
